生物柴油主要指脂肪酸甲酯，它即可以用作燃料，也可以用作化工產品的原料或中間體，比如用作工業溶劑，或用來制備表面活性劑等。
燃料
生物柴油的主要用途是作為清潔石油柴油的調和組分和生產滿足歐Ⅲ標準的清潔柴油。與石油柴油比較，生物柴油具有十六烷值高、硫含量低、不含芳烴、閃點高、潤滑性能好、生物降解快等優點。在國外，生物柴油作為燃料的主要品種及用途包括：
（1）100%生物柴油。這對原料與產品均有嚴格要求，如德國采用低芥酸、低硫甙的菜籽油生產，產品可滿足歐Ⅲ排放要求。歐洲多個國家和美國都有100％生物柴油的標準，表1.1中給出了美國生物柴油的標準(ASTM D6751-03)。
（2）生物柴油與石油柴油調配使用。國外常用的生物柴油調配量是2％、5%、10%、20%、30％等，分別稱為B2、B5、B10、B20和B30柴油。在B2柴油中生物柴油的作用是提高柴油的潤滑性。較高含量的生物柴油有利于降低有害氣體的排放，保護環境。目前，國外沒有為這種調配的柴油單獨制定標準，只要100％生物柴油符合相應的標準即可，比如美國就規定生物柴油必須達到ASTM D6751的標準才能作為柴油調和組分使用。
（3）家庭加熱爐燃料。在國內，生物柴油很少用做燃料，其中的一個主要原因是國家還沒有頒布相關標準，目前石油化工科學研究院正在制定中。另外，各個生物柴油生產廠家一般都有自己的企業標準，如福建卓越新能源發展公司制定的標準Q/LYZY01－2002。
